Tháng 8, 2005, một nhóm các nhà khảo cổ học do Jerzy Gąssowski, giám đốc một viện khảo cổ học và nhân loại học ở Pułtusk chỉ huy đã khám phá ra nơi mà họ cho là mộ của Kopernik sau khi kiểm tra bên dưới sàn Nhà thờ Frombork. Kết quả này có được sau một năm tìm kiếm, và việc phát hiện này chỉ được thông báo vào ngày 3 tháng 10, sau khi họ đã tiến hành tìm kiếm thêm. Gąssowski nói ông "hầu như tin chắc 100% rằng đó là Kopernik". Các chuyên gia pháp y đã sử dụng xương sọ để tái tạo một khuôn mặt rất giống với những đặc điểm trong bức chân dung của Kopernik, trong đó có cái mũi gãy và vết sẹo trên mắt trái. . Các chuyên gia cũng quả quyết rằng xương sọ này là của một người đàn ông đã chết khi khoảng 70 tuổi - tuổi của Kopernik khi ông qua đời.

Mộ ở tình trạng xấu và không phải tất cả xương cốt đều còn. Các nhà khảo cổ học hy vọng tìm thấy họ hàng của Kopernik để xác định qua ADN.